Баку или Бакы?

Френд dadash затронул интересный вопрос:

"По русски мы говорим Баку. Турки тоже говорят что-то похожее на Баку, растягивая последнюю букву. В бакинских селениях тоже Bakü. Так откуда же взялось это Бакы? Кажется так говорят в остальной части нашей страны. В Иране тоже кажется так говорят. На мой взгляд правильно говорить по произношению местного населения т.е. Bakü."

Вообще-то, местное население говорит "Баки" и именно этот вариант был официально признанным до 1954-го года. Говорю как представитель "местного населения". Я тоже не знаю почему И заменили на Ы.

В связи с этим возникает другой интересный вопрос. Наши русскоязычные газеты стали писать "Нахчыван", "Сумгайыт", "Мингячевир" (а не "Нахичевань", "Сумгаит", "Мингечаур", как раньше считалось грамотным по-русски). Наверное, это правильное решение. Но почему же тогда название столицы пишем как в русском варианте - Баку?

"Легко быть логичным, но невозможно оставаться логичным до конца" (Камю, "Калигула").